百度浏览器手机版拦截网页劫持流量脚本的底层封杀主要是通过以下几种方式实现的：
1. 沙箱技术：在手机操作系统中，每个应用都被隔离在一个独立的沙箱环境中。百度浏览器手机版通过沙箱技术，可以限制其他应用对浏览器的访问，防止它们修改或干扰浏览器的行为。
2. 权限管理：百度浏览器手机版在安装时会请求一些权限，如访问网络、读取存储等。这些权限被严格限制，只有经过用户授权的应用才能使用这些权限。这样，即使其他应用试图修改浏览器的行为，也无法绕过权限管理的限制。
3. 代码混淆：百度浏览器手机版会对编译后的代码进行混淆处理，使得其他应用无法轻易地找到并修改浏览器的源代码。这样，即使其他应用试图修改浏览器的行为，也难以实现。
4. 动态加载和卸载：百度浏览器手机版会根据需要动态加载和卸载模块。这样，即使其他应用试图修改浏览器的行为，也无法影响浏览器的正常功能。
5. 安全检测：百度浏览器手机版会定期进行安全检测，发现异常行为时会立即停止执行并提示用户。这样，即使其他应用试图修改浏览器的行为，也会被及时发现并处理。
6. 日志记录：百度浏览器手机版会记录所有操作和异常行为，方便用户查看和分析。这样，即使其他应用试图修改浏览器的行为，也可以追溯到具体原因并进行修复。